Les services médicaux du pays sont représentés par des hôpitaux publics et des cliniques privées. Seul l'hôpital central Aires de Menezes de São Tomé dispose d'équipements de diagnostic, de spécialistes qualifiés et de soins spécialisés pour les patients. D'une manière générale, les structures de santé à Sao Tomé-et-Principe sont limitées et le niveau des soins proposés est relativement faible. Pour les maladies graves, les urgences et les maladies moins courantes, les patients doivent se rendre dans des pays comme le Gabon, le Portugal ou l'Afrique du Sud pour y être soignés. Compte tenu des coûts élevés, les voyageurs et les expatriés dans le pays devraient souscrire une assurance voyage complète ou une assurance médicale internationale, qui comprend une couverture pour l'évacuation médicale.

La vaccination contre la fièvre jaune est obligatoire pour entrer dans le pays.

Les pathologies infectieuses et parasitaires prédominent à Sao Tomé et Principe. La tuberculose, l'hépatite et les infections intestinales de toutes sortes sont courantes.

L'eau du robinet n'est pas recommandée pour la boisson et la cuisine et il faut utiliser de l'eau en bouteille ou bouillie. Les légumes et les fruits doivent être soigneusement lavés avant d'être consommés.