Медицинское обслуживание страны представлено как государственными лечебницами, так и частными клиниками. Диагностическое оборудование, квалифицированных специалистов и возможности специального ухода за пациентами имеет только Центральная больница им. Айреш де Менезеша в г. Сан-Томе. В целом количество медицинских учреждений в Сан-Томе и Принсипе ограничено, а уровень предлагаемой медицинской помощи относительно низок. В случае серьезных заболеваний, чрезвычайных ситуаций и менее распространенных заболеваний пациенты должны ехать на лечение в такие страны, как Габон, Португалия или Южная Африка. Учитывая высокие расходы, связанные с этим, путешественники и экспаты в стране должны приобрести комплексную туристическую страховку или международную медицинскую страховку, которая включает в себя покрытие для медицинской эвакуации.

Для въезда в страну требуется вакцинация против желтой лихорадки.

В структуре заболеваний в Сан-Томе и Принсипе преобладает инфекционная и паразитарная патология. Распространены туберкулез, гепатит, всевозможные кишечные инфекции.

Водопроводная вода не рекомендуется для питья и приготовления пищи, для этого следует пользоваться бутылированной или кипяченой водой. Овощи и фрукты перед едой должны быть тщательно вымыты.