O serviço médico do país é representado tanto por hospitais estatais como por clínicas privadas. Apenas o Hospital Central com o nome de Ayres de Menezes em São Tomé oferece equipamento de diagnóstico, especialistas qualificados e cuidados especiais aos doentes. Em geral, o número de instalações médicas em São Tomé e Príncipe é limitado, e o nível de cuidados médicos oferecidos é relativamente baixo. Para doenças graves, emergências e doenças menos comuns, os doentes devem deslocar-se a países como o Gabão, Portugal ou África do Sul para tratamento. Dados os elevados custos envolvidos, os viajantes e expatriados no país devem adquirir um seguro de viagem completo ou um seguro médico internacional que inclua a cobertura de evacuação médica.

A vacinação contra a febre amarela é necessária para entrar no país.

Infeções e patologias parasitárias dominam entre as doenças em São Tomé e Príncipe. Tuberculose, hepatite, várias infeções intestinais são comuns.

A água da torneira não é recomendada para beber e cozinhar, para isso deve utilizar água engarrafada ou fervida. Os legumes e frutas devem ser bem lavados antes de comer.